焦大鹏离开医院时受伤，吉川已经带领大批宪兵赶来，眼看就要落入日军手中，掉头接应的杰森同大鹏眼神交流，会意的忍痛开枪打死了大鹏，吉川愤怒，认定杰森是杀人灭口，要带杰森回宪兵队，杰森的大批手下赶来，双方持枪对峙，杰森带着器械安全离开。
陆涯成功手术脱离危险，但焦大鹏的死令吕万才他们内心悲伤。而误以为陆涯已死的纯子给陆涯立了一座衣冠冢，里面埋是自己送给陆涯的口琴，朱重阳陪纯子一起献花。吉川夸朱重阳戏演得好，朱重阳露出阴冷的笑容，陆涯没死我永远没机会!
吉川捕获陆涯的承诺又落空了，吉川求田中帮他求情，被田中拒绝，吉川威胁要告发他女儿纯子通匪的事。田中冷冷的说，你立了军令状，如果你还有一个军人的尊严的话，现在应该回去剖腹自尽。
吉川绝望中孤注一掷。吉川带领小野持枪闯进情报站电讯室，威逼发报员给上峰发报，称在上海未能完成绞杀“枪械师”的任务，是因为田中大佐从中作梗。要求陆军部全面调查田中。
吉川被冲进来的士兵捕获，关进了监狱。但是不久，司令部来电，解除田中大佐职务，并责成专人审查。而吉川蒙混过关，并且获得了特权，全权处理“枪械师”事件。
陆涯的数据复原工作得到了上级的表扬。马步枪已经开始投入生产。吕万才向上级申请立即撤离。总部首长却要求取消撤退计划改为就地潜伏，并开始新的研制任务。吕万才内心不能接受，认为留在上海会全军覆没，老赵坚持必须执行命令，双方争执不下。
吉川对田中大佐的部下进行了清洗，首当其冲的就是情报官美智郎。
枪械师分集剧情介绍第26集美智郎被吉川迫害妻离子散，被吉川打断了一条腿并被罚劳役——在情报部做厕所清扫工。吉川满足了自己变态的欲望。
吕万才拒绝执行留在上海的命令，老赵希望张大宝担负起第二领导人的责任。
吉川改变田中对租界的怀柔政策，要在短期内找到“枪械师”，吉川想出借刀杀人的计策，在佟老板生日宴上忽然出现，吉川限期一周内帮会要交出陆涯，否则日本人将收回给予帮会的便利条件，黑帮的生意将瓦解，一语既出惊四座，杰森成为众矢之的，更要命的是吉川当场捅出了焦大鹏是死在杰森枪下!
张大宝崔振芳等人纷纷要去为焦大鹏找杰森拼命，吕万才阻拦，张大宝愤愤不平，同吕万才扭打起来，吕万才晕倒，刘晓婉照顾吕万才，张大宝自顾自去杰森家。
杰森家，张大宝试图用图穷匕见之计刺杀杰森，被老奸巨猾的杰森识破，刺杀不成反被抓了起来，醒来的吕万才得知张大宝的行动后大叫不好，紧急赶往杰森家，吕万才杰森双方因为焦大鹏的死而争执不下，双方拔枪对峙，吕万才愤怒的指责杰森滥杀自己的同志，而杰森则自负与自与自大亨地位不愿向吕万才解释当时的情况，一触即发之际，秋张出现，声言焦大鹏是为救自己的弟弟而死，要吕万才杀死自己为焦大鹏报仇，提醒他们这是吉川的挑拨离间之计，要二人头脑保持清醒。
枪械师分集剧情介绍第27集秋张暂时化解了杰森和吕万才的恩怨，张大宝被杰森释放，双方暂时言和。张大宝自愿放弃了第二领导人的职务，吕万才重新成为小组负责人，在去留上去留上海的大家僵持不下，只得投票表决，最终在征求全组成员意见后不得不按照陆涯的决定继续留在上海。
帮会没有如期交出陆涯，日军开始按照吉川命令全面清剿帮会生意，各大帮会损失惨重，其他帮派受利益驱使开始给杰森施加压力，佟老板出面，杰森只得出让一部分生意以换取平安。但一场帮会大战已经不可避免。
杰森和吕万才在咖啡厅遭遇刺杀，保镖萧十一出小差令他们险象环生，幸亏吕万才再次救了杰森一命。二人全力突围后杰森明白，自己已经成为日本人的双重目标。
此时天蟾大舞台已经不安全，吕万才、刘晓婉和张大宝、柔曼等人搬到杰森家以策安全。果然，天蟾大舞台遭到袭击，在询问幸存者后吕万才发现是日本人在作祟，他知道这是日本人利用帮会冲突的机会搜捕枪械师。
此时的龅牙洪已经投入日本人怀抱，石井名为龅牙洪弟子，龅牙洪实际却是石井用以搜捕枪械师的傀儡，怡然自得的享用着石井提供的美女美食。而石井则按照吉川的指令行事，通过龅牙洪布下了收拾杰森的天罗地网。
