南京国民政府，青天白日旗在风中坠落，鲜艳的红旗傲然飘扬。渡江战役后，国民党主力部队土崩瓦解，部分败军向中国西南溃退，解放军野战部队乘胜追击，势如破竹。我军某师独立团一路凯歌，追击残敌至群山迤逦的广西三江地区。团长马玉良壮志成城，冀望一直打到海边，打到海南岛。突然，上级命令独立团就地剿匪，马玉良虽心有不甘，但只能服从命令。
三江地区匪首吴南山系吴三桂后裔，在此地世代为匪，根基深厚，为人老谋深算、奸诈残忍却又是满腹经纶。国民党相中吴南山，授予他上将军衔以示拉拢，希图将三江地区作为光复大陆的基地。另派中统谍报人员丽娜，留在吴南山大营任发报员。对此，深谙世故的吴南山自然知道其中用意。国民党73师败退到三江地区。上级命令马玉良团设伏阻击，并要求力争73师师长国民党名将展希芳能够火线投诚。马玉良力排众议，在敌众我寡的态势下，一面同展希芳激战，一面巧妙俘获了展希芳的太太海伦，逼迫展希芳投降。不料，一批不明来历的“解放军”将海伦从独立团副政委左严华手中抢走。
原来，这批“解放军”是吴南山手下爱将曹泽英率众伪装。吴南山意在用海伦要挟展希芳，拉拢这支国民党正规军，加强自己实力，联合抗共。展希芳迫于无奈，只得暂时委身于吴南山。马玉良和左严华两人的性格和工作作风迥异，因此相处得并不十分融洽。为了这次丢失海伦的问题，二人相互指责、争吵。对左严华倾心已久的卫生队队长姚虹上前解劝，并带来了马玉良从死人堆里救出的孤女吉美娟。在吉美娟的恳求下，马玉良同意她留在团里卫生队工作。左严华看着吉美娟，眼中流露出异样的光芒。
终极谍匪剧照
终极谍匪第2集剧情介绍马玉良率众攻打三江军事重镇九圩。驻守九圩的国民党保安旅长黄亚彪带着妻子月桂弃城而逃。左严华为了显示自己的政治水平，擅自在三江经济重镇大坳召开群众大会。消息经大坳茶楼吴南山的姘头柳叶香，飞鸽传书到吴南山大营。吴南山为给立足未稳的解放军以颜色，派自己另一爱将侯玉其彻底破坏了群众大会，并掠走了姚红和吉美娟。幸亏马玉良及时赶到，将二人从土匪手中解救。身如猿猴般灵活的侯玉其夺路而逃，却发现自己身上莫名其妙的多出了一个小铁盒。
一个商人带着几个伙计住进了一家客栈。入夜，商人机警而巧妙地发现并夺取了吴南山设在这个客栈的一部电台。此商人便是上级派到三江地区的军政两级首长钟诗云。左严华向钟诗云承认自己贸然召开群众大会错误的同时，提出调离独立团去大坳镇建立基层政权的要求，并希望带上熟悉当地情况的吉美娟一同前往。钟诗云未置可否。走投无路的黄亚彪投奔了素有恩怨的吴南山。展希芳对黄亚彪自是一派不屑一顾。吴南山以冠冕的“党国大业”之话从中调解，收留了黄亚彪。吴、展、黄三人各怀心腹事，暂时联合在一起。
侯玉其身上的小铁盒中是微型胶卷，照片洗出后是独立团的布防情况。当丽娜问及胶卷的来源时，吴南山流露出得意而神秘的微笑，只说了“神鹰”……左严华向吉美娟表露出希望她同自己到地方上工作的愿望，吉美娟以姚虹和左严华的恋爱关系为由婉言谢绝。
终极谍匪第3集剧情介绍钟诗云将查获的客栈电台为我所用，向吴南山发去了平安电文。熟悉电报手法的丽娜感到有些蹊跷，吴南上并未在意。匪性难改的黄亚彪带人下山到大坳镇洗劫财物，并奸淫了柳叶香。吴南山本想将其除掉，怎奈黄亚彪命不该绝，关键时刻，台湾方面为加强三江地区各方团结，发来对展希芳和黄亚彪的嘉奖电。吴南山只得放过黄亚彪，好生安慰受辱的柳叶香，并命她继续在大坳镇潜伏。
钟诗云同意了左严华在大坳镇建立基层政权的请求，但派给他的助手是姚虹，并非吉美娟。柳叶香设法取得了初来乍到的左严华的同情和信任。但姚虹对柳叶香感到一丝莫名的怀疑。钟诗云利用客栈电台向吴南山发出“近日将有共党干部和物资进入大坳镇”的假情报。吴南山想设伏夺取物资。但丽娜对客栈电台再次表示出怀疑。一向小心谨慎的吴南山派侯玉其下山打探客栈电台虚实。
作为从事多年谍战工作的钟诗云早已料到吴南山会派人下山。一番瞒天过海的布置，骗过了侯玉其。吴南山吃的定心丸，决定伏击我军物资队。结果可想而知，黄亚彪的先头部队几乎全军覆没，幸亏展希芳打援接应，才使黄亚彪捡回条性命。月桂对此役大为恼火。吴南山极力安抚。吉美娟对马玉良关心备至，并在战斗中不顾各人安慰救护马玉良。钟诗云开始对吉美娟有所注意。
