1942年，侵华日军占领了中国绝大部分战略城市，在华中地区以驻武汉的第11军为主力与国军对峙。国军主力大部分被压制在长江以南，处于战略防御阶段;长江以北荆州地区，有房近斋师长率领的918师外抗倭寇内反中央。新上任的日军11军军长冢田攻召开高级作战会议，商讨发起新一轮长沙会战。
冢田攻让军部谍报组织九头鸟护送埋伏在国军的的谍报人员到荆州，根据情报情况，发起战争。国军同中校魏耀扬乔装成皇协军副师长马腾混入其中。918师情报处长许昳初来到胡寡妇的阴阳店，密会皇协军情报队队长伍先明并求他帮忙刺杀重庆间谍。许昳初利用同学情谊骗伍先明进入918师防区，路遇小杜鹃在戏台唱沔阳花鼓戏，伍先明乔装成戏子脱身。
六战区上校李春立向长官陈诚报告担任本战区绝密情报分析工作的同中校魏耀扬无故失踪。情报处长冯唐前去荆州善后。冯唐进入荆州潜伏点艾薇成衣行，与国军中尉武琳和黄艳汇合，商量如何寻找魏耀扬。
长江一号第2集剧情介绍荆州城门，一截被绞断的电线落在前来的铁甲车上，车中全部人员被烧焦，潜伏在国军中的日军谍报人员也其中。近卫急召伍先明回93师团部。伍先明通知近卫作战会议中混入内奸，近卫下令所有与会人员不得外出。武琳向冯唐汇报，史威远夫人原来匆忙地托武琳换黄金，但忽然不着急了，冯唐意识到长沙会战的计划被搁置下来了，但是依然没有魏耀扬的下落。
伍先明带着一队日本宪兵，赶向93师团部，挨个审查与会人员，伍先明夺过马腾手中的打火机，发现是个照相机，马腾说出打火机原是史威远的，宪兵队扣押史威远，马腾趁乱离开。此时，宪兵队在小巷中发现一具尸体，据查是真正的马腾。
长江一号第3集剧情介绍武琳给史夫人献计，通过胡寡妇打点伍先明救出史威远。日军送去几船粮食试图拉拢918师，房近斋怒斩来使，却发现原来麻袋里装的全是沙子。房近斋下令将许昳初的情报处改为粮食处，要求尽快解决粮食问题。李春立见魏耀扬多日未归，冯唐也一直未有讯息，遂向陈诚请命潜入荆州，一探究竟。
长江一号剧照
李春立到艾薇成衣行与冯唐等人汇合，遇上伍先明带领宪兵队全城戒严搜查，不幸被抓。武琳向史夫人求助，想要救出冯唐3人，史威远慑于伍先明的势力，不敢帮忙。
长江一号第4集剧情介绍93师团部研究假马腾的照片，伍先明指出此人是魏耀扬，肄业于黄埔军校，精通多国语言，现为六战区情报文职人员。近卫心疑伍先明既然和魏耀扬是同期同学，为何不立即指认，伍先明辩解想争宠邀功，不想被九头鸟抢先，无意中行动被破坏。武琳连夜赶往监利县的六战区的情报站——长江工作站，急电陈诚报告冯唐和李春立身陷囹圄。
魏耀扬返回恩施，本欲邀功，未曾想因他的擅自作主导致冯唐和李春立陷入险境，而受罚。胡寡妇施计困住许昳初，希望用情报让许昳初为她引荐房近斋。胡寡妇告诉房近斋已经使毒杀死徐处长想博取信任，但被房近斋关押。史威远在夫人的压力下，向伍先明谄媚，提出希望救出冯唐3人，伍先明答应，但是冢田攻下令冻结监狱，不许放出任何人。伍先明在戏台旁被认出曾经偷过戏服，恼怒之下，将戏班全体人员抓回。
