深夜，刚刚到任奉春公安分局局长的林荫接到了一个男子的神秘电话，说有重要情况向他报告，他按约定独身前往一幢烂尾楼中，遭到突然袭击，被打晕过去。醒来后，他不顾伤痛和晕眩，说服阻止他的政委何世中和政治部主任黄淼，坚决回到岗位上。
这时，原分局局长、现市局刑侦副局长任大祥已经来到分局，亲自指挥案件侦破，林荫从他口中知道，昨天夜里不但自己被打晕，在他的身边还发现另外一具男尸，根据男尸身上发现的手机确认，就是这个人给他打的电话。
林荫来到案发现场，发现大案队长关伟和刑警队副队长赵民正在争执，关伟不让赵民进入现场，被刑警队队长徐进安制止。赵民在案发现场附近的污水井里发现了一把带血迹的锤子，他询问在场的青年刑警陈云亮是谁负责检查过这片的污水井，随后他来到局里把锤子送交技侦处的冯才检验。
反黑使命2沉默剧照
任大祥调查发现在林荫外出遇险的那一刻，有人在公安局用座机往外打了个电话，细究下去却发现是当晚值班的刑警小马给赵民打电话告诉林荫的行踪。他们立刻把赵民叫来调查，赵民的回答是为了新局长的安全，他向110巡逻车布置保卫工作。徐进安和关伟来找林荫作询问笔录并交还了林荫的佩枪和手机。他们告诉林荫死者身上除了有部手机和两百元钱没有其他线索。
反黑使命2沉默第2集剧情介绍根据这个情况，林荫、任大祥、徐进安和关伟等人认为，约见林荫的人是被灭口了。根据林荫受到袭击的情况，大家又认为，凶手对警察怀有刻骨仇恨，因此把那些受过警察打击、心怀不满、扬言报复警察的人做为重点调查目标。
陈云亮声称掌握了一条排查的重要线索，案发当晚有人在现场附近见过经常扬言要对警察报复，有抢劫，故意伤害他人的前科二老黑!关伟带领陈云亮立刻部署抓捕行动，在一家小酒馆前扣下了二老黑。审讯并不顺利，二老黑死活不承认干了袭警杀人之事，可他又不肯说出那晚他的去向。
林荫去技侦处向冯才征询是否是那把带血迹的锤子伤了自己，冯才不予肯定，同时冯才给林荫介绍了赵民的情况，他称赵民是个把自己的警察职业当成生命来对待的人。当晚深夜，有个黑影潜入技侦处证物保管室内，神不知鬼不觉地把一枚印在转移纸上的指纹转印到那把带血迹的锤子把手上，黑影又悄然离去。
任大祥来到林荫办公室整理遗留的物品，戏称这里已是林荫的地盘，他这个前局长只是来协助工作的。话语间不禁透出一丝酸意。政治部主任黄淼倒是为林荫端汤送饭、忙这忙那的，说照顾伤员是她的职责，让林荫特别感动。赵民向林荫递交辞职报告，林荫不予接受，他告诉赵民现在是展现他能力的时候。
反黑使命2沉默第3集剧情介绍赵民怀疑死者的那部手机不是他本人的，那个死者一身装束加起来也值不了三百块钱，怎么会用一千多块钱的手机?任大祥在局里召开案情分析会，林荫及时获悉赶去参加，他表示自己既是涉案人又是被害人，更是破案人，他的身体没有问题，完全可以履行职责，林荫再次明确，这起案件由他亲自指挥，任大祥只好表态支持。
会上技侦处的冯才向大家通报，经过检验那把污水井里发现的锤子手柄上留有在逃杀人犯耿凤臣的指纹，大家一片哗然，关伟和赵民又为当时检查现场时漏掉锤子这一重要物证之事死掐起来。林荫耐着性子命令徐进安、赵民和关伟等人统一思想，全力搜寻尸源。
赵民向林荫汇报工作中的困难和苦恼，林荫鼓励并提醒他，现在最需要有能力的人。黄淼感觉林荫想重用赵民，她提醒林荫，赵民政治上不可靠，曾经和耿凤臣走得很近，业务再强也不能用。
陈云亮在提审二老黑时问是否见过那把涉案锤子，二老黑辨认后说好象耿凤臣以前的司机耿真有这样的锤子，关伟设伏逮住耿真问其真相，耿真承认锤子是他的，可早就丢了，坚决否认袭警杀人。个体旅馆老板郑鸿运在赵民的动员下向林荫反映死者曾来投宿，关伟要以知情不报之罪扣押郑鸿运，被林荫制止。赵民和小马在调查中发现死者是从河汾坐车而来。
