山谷里，林天宝和玉儿幸福地在一起，私定终身。无忧尊者发现此事，预感自己的心血有可能被林天宝搞掉，大怒，追杀林天宝。林天宝逃亡遇到南宫紫霖，告诉南宫紫霖南宫布的近况。南宫紫霖起身阻拦无忧尊者。无忧尊者打败南宫紫霖，逼迫她行刺康熙。南宫不愿，因为她已经做完最后一项工作，要去找关小西，携手天涯。
无忧尊者用南宫布的性命要挟南宫紫霖，南宫紫霖大怒，宁愿死也不听从无忧尊者命令。无忧尊者强行命众长老将体内真气注入南宫紫霖体内。几大长老耗尽体力而亡，南宫紫霖成为绝世高手，同时也被折磨得不成人形，如白发魔女一般，心身入魔，自知与关小西人鬼殊途，被无忧尊者控制住。同时，林天宝也被众多罗天教徒抓获。无忧尊者命众信徒召集门人徒弟入教，起兵反清。
京城。康熙见到关小西，得知罗天教起兵反清的消息，大怒派兵平叛，同时还得知三大辅臣收授过罗天教的贿赂，将三人打入天牢。无忧净土。康熙的平叛大军围攻不下。罗天教信徒像是被无忧尊者控制一般，顽抗到底。京城。众将士久攻不下。康熙震怒，原本顾忌会伤及状元张英等才子名士与江湖各派掌门，如今拖一天，邪教的威风就长一尺，天下百姓不安，遂命谢放率红衣大炮踏平无忧山，一个活口不留。大军向无忧山进发。
无忧净土。南宫紫霖走入魔道，无忧尊者将她沉入湖底密炼，自己与林天宝关在一起半个月，然后消失了。康熙大军炮轰无忧净土。炸开林天宝的洞口，林天宝又见天日。林天宝急忙将张英等人放走，又去找佛母玉儿。此时谢放大军攻入无忧山，群魔无首，南宫布等人也逃出来，邪教被彻底剿灭。闭关在湖底的南宫紫霖受惊出关，被玉儿所救。兵荒马乱，南宫紫霖带着玉儿决定回到无忧山。林天宝找不到玉儿，仍不死心，流落江湖寻觅。
京城。邪教被灭，康熙微服在酒楼宴请众人，林天宝回京，众人大喜，聚餐。不料此林天宝竟然是无忧尊者所扮，最后刺杀康熙。众人大惊，纳兰、谢放、关小西等人合围无忧尊者，终于将无忧尊者擒获，当众人要揭去他的面具之时，无忧尊者运功自爆身亡，原来是何德淼假扮的。此时，真正的林天宝失落的回到京城。康熙对四宝大加封赏。天下太平。
御前四宝第40集剧情介绍(大结局)无忧山。南宫紫霖伤好，与玉儿分道扬镳，决心杀掉康熙，与关小西同归于尽，完成最后使命。玉儿劝说不住，独自留在无忧山等待林天宝。
京城，林天宝将罗天教所有情况回报给康熙，罗天教的影响十分广泛。康熙感慨，世间无处不江湖，康熙下令，命四宝竭力铲除邪教在人民中的不良影响。林天宝曾中南宫紫霖的毒药，忽然发作，太医前来救治，开出千金药方，林天宝要钱不要命，康熙臭骂了天宝一顿，为他掏了医药费。不过康熙知道林天宝与玉儿之间的事情，同时也没有忘记关小西与南宫紫霖的关系。自从康熙废掉三大辅臣之后，已经没有什么人可以与御前四宝抗衡。康熙却偶感不安。自此，康熙与疯和尚雪印打赌之事完全应验，四宝官居极品，位极人臣。此时正好三年。四宝想起师父雪印的约定，向康熙道明真相，康熙震惊，大怒将四人打入死牢。康熙得知此事原委，感到此事一定是顺治所为，心中各种感觉混在一起。雪印来书，三年期到，要拿走五台山。康熙决定去五台山会一会顺治，将御前四宝关在笼子里一同前往。
无忧山。玉儿苦等不到林天宝，十分悲伤，坐在圣女潭边，不禁想起与天宝在一起的快乐时光，回想起他俩的初次见面，回想起二人的初吻。玉儿早已泪流满面，终于明白自己不是什么佛母，自己是一个平凡的姑娘，忍受着相思的煎熬。玉儿跃入潭水中，疯狂呼喊着林天宝的名字。
官道上。康熙率着关小西、黄天霸大军赶往五台山，四宝被关在牢笼中押在队尾。林天宝恍惚间听到了玉儿的呼唤，泪水模糊了双眼，心中祈祷，让玉儿不要等待自己，因为他知道，此去凶多吉少。
五台山。顺治老和尚清扫禅院，雪印山门前打坐。山下，康熙率大队人马抵达。雪印让进康熙。寺院里，康熙与扫地的顺治打个照面，并未注意。雪印不忍见自己徒弟受苦，宁愿不要五台山，只要徒弟们得到自由。康熙同意，不但放过四人而且将五台山拱手相让，但是要见顺治。康熙一挥手，山门大开，跟随康熙前来的大队人马已经换上朝服与正装，威风凛凛，巨大的皇轿停在山下等候顺治，看来康熙不把顺治带走就不会离开。康熙跪求顺治见面。顺治只出声音，说爹刚刚为你扫过地，我们已经见过了。康熙大惊，顺治几句箴言点化康熙。康熙明白自己无缘与顺治再见。顺治与雪印离开。康熙短短的时间里经受了得到亲人与再一次失去父亲的痛苦，康熙几乎崩溃了。此时，魔女南宫紫霖出现。南宫凭借绝世武功将康熙众侍卫打败，关小西将四宝放出来。众人合力围攻南宫紫霖不下。康熙大怒亲自动手，依然不能打败南宫紫霖。关小西、纳兰等人重伤落败，南宫紫霖单刀走向康熙。康熙看到自己众多侍卫为了自己被南宫杀死，又想起顺治所言，丢掉兵刃闭上双眼打坐。南宫紫霖一顿，一刀劈向康熙，关小西跪在康熙面前，赤裸上身，背后四个大字：南宫紫霖，正对着南宫紫霖。南宫手停住了。二人俱知，今天走出山门的，只有一个。关小西知道自己已非对手，不过，要杀康熙必杀自己，若南宫不杀康熙，自己为康熙也要杀掉南宫紫霖。康熙此时只想遁入空门，不问世事。南宫紫霖快被自己逼疯了，决定自己与关小西和康熙同归于尽。关键时刻，冥冥中仿佛有股力量，使南宫紫霖竟无法动手。顺治出现，点化南宫紫霖，将她带走一年，为她出去暴戾之气与疯魔。关小西与南宫约定一年之后，五台山见面。顺治南宫离去。
关家镇。康熙一行人路过关家镇，这里是关小西的家乡。此地崇尚关羽，精通三国，康熙几个人在饭馆吃饭时又闹出不少笑话。 经过这段时间发生的重大事件，康熙也明白了水能载舟亦能覆舟的道理，宽待百姓，同时也更明白了从政手段，大赦天下，三大辅臣与御前四宝又重见天日。自此，康熙时代的巅峰到来了。
新年在即，林天宝提议搞万民宴，康熙大悦，赐林天宝为万民宴总策划，操作此事。午门外，摆开万民宴，康熙宴请文武百官和京城百姓。戏台子上，热闹地演着戏。林天宝在下面串联，倒卖皇上封号，众人不解，林天宝便又奏本，请康熙率十二生肖登台拜年。康熙应允，率着林天宝等十二个大臣上台百年。林天宝趁机让康熙封了自己和其他十一个大臣御猴、御狗等等的封号。子时来到，霎时间，窜起漫天烟火，万炮齐鸣，康熙率众人欢庆，万民欢腾。全剧在一片烟火中，落下帷幕。
