南开校长曹雪涛和其他作者现身逐个回应质疑者再发声

放大字体  缩小字体 2019-11-18 18:39:06  阅读:9703 作者:责任编辑NO。魏云龙0298

来历:我国青年报

导读

曹雪涛和被质疑论文所触及的相关作者针对不同的质疑作出解说。

质疑者再发声:我想着重我无意责备任何人行为失当。请记住,许多重复或许仅仅“诚笃的过错”。

我国工程院:会针对网络反映曹雪涛院士的有关问题打开查询。

今日清晨,我国免疫学家曹雪涛院士在同行评议网站“pubpeer”发文,回应了学者伊丽莎白·比克(Elisabeth Bik)对他部分论文的质询。

曹雪涛现任南开大学校长,是闻名的免疫学家。此事引起了巨大重视。

在回应中,曹雪涛表明,对这些研讨的剖析仍在进行中。根据到现在的剖析,以及从搭档和同行那里收到的弥补反应,他期望弥补一点——“我依然对这些论文中得出的科学定论的有效性、可靠性以及研讨的可重复性,充满信心。”曹雪涛说,“关于我的任何失算及由此带来的不方便,我深表抱歉。

曹雪涛和被质疑论文所触及的相关作者也在PubPeer网站上,针对不同的质疑作出解说。

现在,他们已对5篇论文的质疑进行了回应解说。

针对相关解说,Elisabeth M Bik 回复:感谢供给原始图片并解除了一切疑虑

在题为《E3 ubiquitin ligase CHIP facilitates Toll-like receptor signaling by recruiting and polyubiquitinating Src and atypical PKC》文章中,一同通讯 Taoyong Chen就Elisabeth M Bik 提出的相关质疑给出了回应

感谢对文章图4A, 4C, 5A中胶图成果的类似性进行质疑。咱们细心查看了原始数据现在进行解说。

红框中标识的是终究用于宣布图4C, 5A中对β-actin蛋白进行细心的检测的成果。

以上图片中红框标出的是用于终究宣布图4A(MyD88),5A(TLR9)的原始数据图。

根据以上数据,咱们咱们能够明晰的看到尽管他们十分偶尔的看起来很类似, 但图4A, 4C, 5A的原始数据成果来自不同的凝胶跟曝光胶片。

三小时后,Elisabeth M Bik 回应:“感谢供给原始图片并解除了一切疑虑”

在题为《Type I IFN inhibits innate IL-10 production in macrophages through histone deacetylase 11 by downregulating microRNA-145》的文章中,榜首作者LiLin针对Elisabeth M Bik提出的质疑作出回应:

这是小鼠腹腔巨噬细胞在感染VSV前后miRNA组的微阵列成果比照。咱们宣布的成果是从微阵列剖析得到的热图中得出的。

可是热图在从低分辨率的PDF文档往高分辨率的TIFF格局转的过程中,这些点就会变含糊然后看起来如同表达值是相同的。而且色彩格局也转化成了RGB,这也会导致成果图中一些点的色彩反常。原始的数据包含图和表都现已附上。

四小时后Elisabeth M Bik 回应:“十分感谢您的解说!这十分有协助”

在题为《Circular RNA circMTO1 acts as the sponge of microRNA-9 to suppress hepatocellular carcinoma progression》的文章中榜首作者Dan Han 针对Stachys Heraclea两年前提出的质疑作出回应:

1.事实上,关于线性MTO1的信息在图S3c中有宣布。在对环状MTO1进行表达缄默沉静后,都还能够检测到环状MTO1跟线性MTO1的表达而且线性MTO1的表达水平不受环状MTO1缄默沉静的影响。

2.由于microRNA在细胞里的密度有异质性,所以y轴所述”miRNA相对表达值”指的是用环状MTO1探针共沉淀后各miRNA的qPCR成果值。不必的microRNA有不同的表达谱。图S3A中展现了不同细胞系中环状MTO1的表达水平。而图S3D的成果是经过质粒转染过表达环状MTO1后的MTO1表达水平。综上,环状MTO1在图S3A跟S3D中的表达水平应该不相同。

3.咱们在1157页说到了用miRanda软件猜测miR-9跟circMTO1的结合位点。miR-9能够更好的下降一个细胞周期相关基因CDX2的表达(在参考文献27中有描绘)。咱们经过后期试验也验证了miR-9还能够更好的下降另一个细胞周期相关基因p21的表达。需求说到的是,p21的方针物并没有依照你说到的办法来进行猜测。

4.正如在图S3中展现的,一切用到的八个细胞系全部都是HCC(肝细胞癌),在这些细胞系里miR-9的表达水平比环状MTO1高,这个成果也跟肿瘤组的FISH(荧光原位杂交)试验成果共同。除此之外,FISH剖析主要是研讨共定位,而它的试验成果或许被多种要素影响包含探针的特异性和亲和力。不过,图S3中的qPCR成果现已足以精确的展现他们的基因表达水平。

5.在1153页的办法学部分里,从RiboBio购买的针对环状MTO1的siRNA以及对照siRNA都有胆固醇润饰。胆固醇的作用是能够使siRNA更好的进入肿瘤细胞,而且它被认为是一种动物试验中可用的试剂,而且没有发现有致瘤的作用。咱们咱们都期望以上解说能够回答您的疑问。

此外,曹雪涛宣布在science的论文《The STAT3-binding long noncoding RNA lnc-DC controls human dendritic cell differentiation》遭到一些质疑,质疑者说他们试验的试验组(lnc-DC RNAi-1)跟空白对照组(未做任何处理)的细胞消逝成果图类似。

曹雪涛给的解说是他们在收拾成果宣布时,把同一个样本用不同圈选办法得到的FACS成果图放在了一同,曹雪涛在回复中附上了试验的原始数据。

有论文作者为无意识的过错抱歉

11月14日上午6:22,Elisabeth M Bik 发布题为《HSP70L1-mediated intracellular priming of dendritic cell vaccination induces more potent CTL response against cancer》的质疑

榜首作者Shuxun Liu 先后两次回应,解说称:

之所以呈现这样的过错是由于在整合修改文章成果时发作的。在预备成果宣布时,咱们误将图3D中Medium组的成果重复仿制到了CH组的成果,然后又误将CH组的成果宣布为AdCtrl组的成果,而AdCtrl组的实在成果在宣布时被忽略了。而且,在原始宣布的Medium组中标示的百分比也有过错。咱们已与Cell. Mol. Imminol.杂志的修改取得联系,更正后的数据会赶快宣布出来。

他表明,为无意识的过错抱歉,一起进行了更正

The corrected figure 3D and related raw data are attached below.

We sincerelyapologize for this unintentional errormade before manuscript submission but we failed to catch at the submission and subsequent review and publication steps.

11月18日上午4:03Elisabeth M Bik 回复:十分感谢您的解说和更正此过错

Elisabeth M Bik 的置顶回应里写道:许多重复或许仅仅“诚笃的过错”

Elisabeth M Bik 发文回应:我想着重我无意责备任何人行为失当。请记住,许多重复或许仅仅“诚笃的过错”。

另据汹涌新闻报道,我国工程院办公厅工作人员回应表明,我国工程院会针对网络反映曹雪涛院士的有关问题打开查询。

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