近来，牛津大学的Oliver G. Pybus.和广东省疾病防备操控中心的柯昌文在闻名杂志Cell上宣布题为“Genomic Epidemiology of SARS-CoV-2 in Guangdong Province, China”的研讨论文，该论文由广东省公共卫生研讨院、广东省疾病防备操控中心、牛津大学及ARTIC团队等协作解析新冠病毒在广东省的传达规则为广东防控办法的有用性供给根据。
珠三角区域是我国人口最为稠密，经济最为兴旺的区域之一。广东省与湖北省交通便当，人员交游亲近。使用病毒基因组测序及病毒分子进化剖析研讨病毒的变异及传达规则对拟定有用的防控方针很重要。本研讨经过对广东省疫情爆发期间测定的53条病毒全基因组序列并结合其流行病信息进行病毒传达链的剖析。成果展现了广东省怎么经过前期的大范围检测、活跃的病例追寻和严厉的阻隔（testing, tracing and Isolation）有用的操控病毒输入后的传达链条。本研讨成果一起为其它区域展开新冠病毒测序剖析并科学解说序列成果供给了极有价值的参阅。
研讨描绘了广东省阅历的新冠疫情的三个不一起期：前期首要为湖北区域的输入病例，随后本地病例数量的添加并随后得到操控，以及3月今后国外输入病例数量的添加（图1A）。在不一起期，广东省采取了不同的监测战略（图1A），使用及时大范围监测结合亲近追寻和严厉阻隔来阻断本地传达链条。截止到2020年3月19日，广东省经过地市CDC，定点医院，第三方检测组织，共在约160万例检测中确诊了1,388例COVID-19病例。其间2/3（1014例）具有湖北游览露出史，336例或许与本地传达相关。病例首要会集在广州和深圳两大中心城市（图1B）。
图1. 广东省新冠病毒爆发疫情（A）1,388例COVID-19确诊病例及病例来历信息；（B）广东省COVID-19确诊病例首要散布在珠三角区域
为了解病毒的序列特征及其传达特征，团队经过宏基因组测序及多重PCR扩增子测序结和纳米孔测序办法对2020年1月30日至2020年2月28日的62例病例的79份标本的病毒序列进行了测定，使用本地构建的脚本及ARTIC剖析脚本共取得53份较为完好的病毒基因组（图2）。本研讨标明经过树立的三代测序和剖析办法能轻松完成对病毒基因组的实时测定，即便病例标本病毒含量较低（CT值 >30）。
图2. 53株SARS-CoV-2病毒全基因组信息及其对应的病例信息。
无论是根据遗传间隔（图3）仍是分子钟的进化树都能够正常的看到大都广东的病例序列（赤色圆点表明）发散状于整个进化树中，中心穿插着其他地方或国家的序列。这个成果标明大都广东的COVID-19病例为不同区域的输入感染而不是本地接连传达导致。一起，咱们也能够发现5个首要由本地序列构成的簇（A-E）具有较高的后验值支撑（>80%），仅从进化关系上或许以为这些序列对应的病例是本地传达构成。但经过流行病学查询能够发现cluster中的大都序列都有湖北侨居露出史（图4）。这个成果标明，假如缺少疫情区的序列数据，需求十分当心的解说从进化关系上看到的成果。这些观察到的广东集合序列或许是由多个同源或高度同源的输入病例序列构成。
图3. 根据广东省SARS-CoV-2序列及公共数据库序列构建的最大似然树（A）及根据贝叶斯结构的分子钟进化树（B）。广东省的SARS-CoV-2序列用赤色圆点表明。
图4. 对5个广东序列簇进行分子溯源剖析。
总结
序列剖析发现大都广东的COVID-19病例为不同区域的输入感染，并非来自本地接连大范围的传达。提示对人口高密度并存在频频外来疫情输入的区域，可彻底经过前期及时的大范围分子检测，活跃的病例追寻，加上严厉的阻隔办法有用阻断本地的传达链条。文章还提示跟着当时广东省从其他几个国家输入性病例数量的添加，继续进行并加强新冠病毒疫情的监控十分必要。研讨呼吁经过及时揭露新冠病毒序列不光能够更准确的剖析病毒在不同区域的传达特色，一起对病毒序列中差异位点的解析也将对病毒疫苗的研讨及抗病毒药物的开发供给重要信息。
研讨榜首作者为广东省公共卫生研讨院陆靖，刘哲以及牛津大学和爱丁堡大学的Louis du Plessis和Verity Hill。通讯作者为牛津大学的Oliver G Pybus和广东省疾病防备操控中心的柯昌文。研讨受广东省新冠病毒科技方案项目（2020111107001），广东省协同立异渠道（2018B020207006），广东省要点研制项目（2019B111103001）赞助。协作单位包含广东省第二人民医院，广州市CDC，深圳市CDC，佛山市榜首人民医院，英国ARTIC团队。
Abstract
Coronavirus disease 2019 (COVID-19) is caused by SARS-CoV-2 infection and was first reported in centralChina in December 2019. Extensive molecular surveillance in Guangdong, China’s most populous province,during early 2020 resulted in 1,388 reported RNA-positive cases from 1.6 million tests. In order to understandthe molecular epidemiology and genetic diversity of SARS-CoV-2 in China, we generated 53 genomes frominfected individuals in Guangdong using a combination of metagenomic sequencing and tiling amplicon approaches. Combined epidemiological and phylogenetic analyses indicate multiple independent introductions to Guangdong, although phylogenetic clustering is uncertain because of low virus genetic variationearly in the pandemic. Our results illustrate how the timing, size, and duration of putative local transmissionchains were constrained by national travel restrictions and by the province’s large-scale intensive surveillance and intervention measures. Despite these successes, COVID-19 surveillance in Guangdong is stillrequired, because the number of cases imported from other countries has increased.
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